In de eerste helft 1943 wordt het kamp vergroot en wordt er een tweede kamp naast aangelegd. Er wordt dan ook een gaskamer gebouwd, die vanaf juni ’44 wordt gebruikt in het kader van de Endlösung. Ook worden mensen met uitlaatgassen vermoord in de laadruimte van vrachtwagens en met dodelijke injecties.
De omstandigheden in het kamp zijn verschrikkelijk. Twee keer breekt er een tyfus-epidemie uit, in ’42 en ’44.
In januari 1945 begint de ontruiming van Stutthof en de daaraan verbonden kampen, met in totaal 50.000 gevangenen, in grote meerderheid Joden. Circa 5.000 gevangenen uit werkkampen worden naar de kust van de Oostzee gedreven, het water in, en met mitrailleurs doodgeschoten. De overige gevangenen moeten op dodenmars richting Lauenberg is oostelijk Duitsland. Ze worden afgesneden door oprukkende Sovjet-troepen en teruggedreven naar Stutthof. Duizenden sterven ten gevolge van de strenge vorst en het gewelddadige optreden van de SS-bewakers.
Eind april is Stutthof bijna geheel door het Sovjet-leger ingesloten. Opnieuw worden honderden gevangenen de zee in gedreven en doodgeschoten. Meer dan 4.000 worden op kleine schepen getransporteerd naar Neuengamme en kampen aan de Oostzee-kust. Velen verdrinken onderweg. Vlak voor de Duitse capitulatie wordt een klein aantal gevangenen naar Malmö in Zweden overgebracht.
Naar schatting zijn meer dan 25.000 gevangenen, dus meer dan de helft, omgekomen tijdens de evacuatie van de Stutthof-kampen.
Sovjet-troepen bereiken Stutthof op 9 mei 1945 en treffen circa 100 mensen aan, die zich bij de laatste evacuatie van het kamp hebben weten te verstoppen.
In totaal hebben 115.000 gevangenen in Stutthof vastgezeten, van wie er ten minste 65.000 zijn vermoord en 22.000 naar andere kampen zijn doorgestuurd.
Vernielde barakken waar gevangen werden gevonden, foto van na de oorlog
