Slowakije scheidt zich 14 maart 1939 af van Tsjechië, daags voordat Duitse troepen zonder slag of stoot de Tsjechische provincies Bohemen en Moravië bezetten. Het ‘onafhankelijke’ Slowakije is sterk afhankelijk van nazi-Duitsland.

In november 1940 sluit Slowakije zich aan bij de As-mogendheden. In juni 1941 neemt het deel aan de invasie van de Sovjet-Unie en in december van dat jaar verklaart het de oorlog aan Groot-Brittannië en de Verenigde Staten.

Slowakije is de eerste As-mogendheid die meewerkt aan de deportatie van haar Joodse inwoners in het kader van de Endlösung. Volgens een volkstelling van 15 december 1940 waren er 88.951 Joden in Slowakije.

Tussen maart en oktober 1942 worden 57.000 Slowaakse Joden (en een onbekend aantal Roma) opgesloten in door Slowakije zelf opgezette concentratiekampen, in het bijzonder Sered en Nováky (en wat later ook Vyhne). Dat gebeurt door Slowaakse gendarmes, militairen, aanhangers van de anti-democratische en deels nazistische Slowaakse Volkspartij en ‘etnische Duitsers’ van de Vrijwillige SS. Circa 6.000 Joden weten te ontkomen naar Hongarije.

Tienduizenden Joden uit de kampen worden aan de Duitse politie en SS overgedragen. Slowakije betaalt Duitsland 500 mark per Jood voor hun ‘huisvesting’, maar in werkelijkheid worden ze in Auschwitz, Majdanek en Sobibor vermoord. Slechts ongeveer 300 overleven.

Als de Slowaakse regering wordt geïnformeerd over de moord op de Slowaakse Joden, weigert zij de resterende 24.000 Joden in het land uit te leveren.

Terwijl Sovjet-troepen vanuit het oosten naderen, ontketenen verzetsorganisaties op 29 augustus 1944 een opstand tegen het Slowaakse marionettenregime. De kampen worden bevrijd. Een aantal jongere gevangenen sluiten zich aan bij het verzet, anderen hopen in de bevrijde Slowaakse gebieden een veilig heenkomen te vinden. Ook vele Roma sluiten zich aan bij het verzet. Duitse troepen nemen Slowakije echter in. Een Einsatzgruppe maakt samen met de Wehrmacht jacht op de deelnemers aan het verzet, op Sinti en Roma en op de resterende Slowaakse Joden. 12.600 Joden worden naar Auschwitz, Theresienstadt en andere kampen afgevoerd. Ook worden circa 3.500 Joden en honderden Roma vermoord die waren ondergedoken, maar worden ontdekt. Een aantal sneuvelt aan de zijde van de partizanen die tegen de nazi’s vechten.

In totaal worden ruim 70.000 Joden uit Slowakije gedeporteerd, van wie er meer dan 60.000 worden vermoord. Van de 12.600 die in de laatste periode worden gedeporteerd, overleeft bijna de helft.

Bij het begin van de oorlog leven in Slowakije minstens 80.000 Sinti en Roma, maar waarschijnlijk waren het er veel meer. Vanwege de discriminatie die de Roma ten deel valt, ‘profileren’ velen zich niet als zodanig. Een onbekend, maar groot aantal vlucht na de Duitse bezetting vanuit Tsjechië naar Slowakije. Hoeveel Roma vermoord werden of als lid van het verzet de dood vonden, is evenmin duidelijk. Het aantal Sinti- en Roma-slachtoffers in Tsjechië en Slowakije samen wordt op 15.000 tot 40.000 geschat.