Samen met Heinrich Himmler organiseert Heydrich de ‘Nacht van de Lange Messen’ (30 juni–1 juli 1934), waarin tientallen topfiguren van de SA (Sturmabteilung, gevechtseenheid van de nazi-partij) worden vermoord, zodat de SS (Schutzstaffel, oorspronkelijk Hitlers lijfwacht) de dienst in nazi-Duitsland kan uitmaken. Heydrichs macht neemt hierna steeds verder toe.
Na de Kristallnacht (9–10 november 1938) geeft Heydrich de opdracht tot het afvoeren van 25.000 Joden naar concentratiekampen. Hij regisseert de zogenaamde Poolse aanval op een radiostation in Gleiwitz die door Hitler wordt gebruikt als excuus voor de inval in Polen, vormt de SS-Einsatzgruppen die de top van de Poolse samenleving en anderhalf miljoen Joden in de Sovjet-Unie en andere landen uitmoorden, en creëert de getto’s in plaatsen als Warschau, Lodz en Krakau waar binnen twee jaar – nog voor de start van de systematische uitroeiing in de vernietigingskampen – vijfhonderdduizend Joden sterven door ondervoeding en ziekte.
In 1941 krijgt Heydrich van Herman Göring de opdracht tot een ‘definitieve oplossing voor het Joodse vraagstuk’ (Endlösung der Judenfrage) te komen en in januari 1942 is Heydrich voorzitter van de Wannsee-conferentie, waar de systematische vernietiging van alle, naar schatting 11 miljoen Joden in Europa wordt gepland.
Heydrich gaat vervolgens op meedogenloze wijze Tsjechië besturen. Op 27 mei 1942 wordt in Praag een aanslag op hem gepleegd door in Engeland getrainde Tsjechen. De aanslag lukt maar half, maar Heydrich sterft door een te laat ontdekte bloedvergiftiging. Als wraak worden de Tsjechische plaatsjes Lidice en Ležáky uitgemoord en meer dan 3.000 Joden geëxecuteerd.
Na Heydrichs dood wordt de systematische vernietiging van de Joden in bezet Polen Aktion Reinhardt gedoopt. (Om zijn naam meer allure te geven, voegde Heydrich in het begin van de oorlog een t aan zijn voornaam toe.)
Kaart uit Praag met de beeltenis van SS-Obergruppenführer Reinhard Heydrich uit 1942.
De postzegel op de kaart heeft ook Heydrichs beeltenis. Buiten Hitler is Heydrich de enige nazi-leider die op een postzegel is afgebeeld, wat zijn uitzonderlijke status illustreert. Verondersteld wordt dat Hitler hem als zijn potentiële opvolger beschouwde.
