Bij de opdeling van Joegoslavië, na de aanval van april 1941 door de As-mogendheden, wordt Bosnië-Herzegovina, deel van de fascistische marionettenstaat Kroatië. Leiders van de moslimbevolking in Bosnië-Herzegovina willen van het land een onafhankelijke islamitische staat maken en beginnen systematisch de Joden, Roma en niet-Kroaten (veelal Serviërs) uit te moorden. Dit met steun van SS-leider Himmler en die van een van de meest prominente moslimleiders, de Palestijn Hadj Mohammed Amin al-Hoesseini.

Al-Hoesseini is de mufti (rechtsgeleerde) van Jeruzalem en president van de Hoogste Moslimraad en van het Islamitisch Hof. Hij staat bekend als de Groot Mufti, maar dat was geen officiële titel. Na een mislukte pro-Duitse staatsgreep in Irak van Rasjid Ali*, een van zijn volgelingen, vlucht hij in de zomer van ’41 naar Duitsland, waar hij met Hitler onder meer over “de oplossing van het Jodenprobleem” spreekt.

Himmler stuurt twee divisies van de Waffen-SS en andere troepen naar Bosnië-Herzegovina. Al-Hoesseini roept via een Duitse zender moslims op om dienst te doen in speciale moslim-eenheden van de Waffen-SS-divisies en tot het vermoorden van iedere Jood.

10.000 van de 14.000 Joden in Bosnië-Herzegovina worden vermoord. Ongeveer 2.500 overleven door zich bij de partizanen aan te sluiten, 1.600 door te ontsnappen naar door Italië gecontroleerd gebied aan de Dalmatische kust.

Nagenoeg alle Sinti en Roma in Bosnië-Herzegovina worden vermoord, zoals in heel Kroatië. De meerderheid in het Kroatische vernietigingskamp Jasenovac. Het totaal aantal Sinti en Roma-slachtoffers in Kroatië wordt geschat op 50.000 tot 90.000.

Aan het bestaan van Kroatië als ‘onafhankelijke’ staat komt een voorlopig einde op 6 april 1945, als partizanen Sarajevo binnen marcheren.

Enkele verantwoordelijken voor de massamoord in Kroatië worden terechtgesteld, de meesten weten te ontkomen, meestal naar Zuid-Amerika. Al-Hoesseini vlucht naar Zwitserland en vervolgens Frankrijk, waar hij huisarrest krijgt. In 1948 vlucht hij naar Egypte. Van ’48 tot 1959 leidt hij een Palestijnse regering, die echter slechts door enkele Arabische landen wordt erkend. Hij sterft in 1974.

* Als de staatsgreep is verijdeld door Iraakse en Britse troepen, vinden in Bagdad gruwelijke pogroms tegen Joden plaats door aanhangers van Rasjid Ali.